법인전환하면 세액공제·창업감면이 사라질까요? 이월공제 승계 요건과 출자 부담 (2026)
핵심 정리
- 일반 포괄사업양수도로 법인전환하면 개인사업자 시절의 창업중소기업 감면 잔여기간과 미공제 이월세액공제가 법인에 승계되지 않을 수 있습니다.
- 조특법 제32조의 법인전환(현물출자 또는 요건을 갖춘 사업양수도)이면 남은 감면기간과 미공제세액을 법인이 이어받을 수 있습니다.
- 핵심 요건은 개인사업자가 발기인이 되고, 새 법인 자본금이 전환하는 사업장의 순자산가액 이상이며, 설립 후 3개월 이내에 사업 전체를 포괄 양도하는 것입니다.
- 대신 순자산가액 이상을 출자해야 하므로 자본금 마련 계획을 먼저 세워야 합니다.
개인사업자가 법인으로 바꿀 때 가장 흔히 쓰는 일반 포괄사업양수도 방식으로는 개인 시절 받던 창업감면의 남은 기간과 아직 공제받지 못한 세액공제가 법인으로 넘어가지 않을 수 있습니다. 이 혜택을 지키려면 조세특례제한법 제32조의 요건을 갖춘 법인전환, 이른바 ‘세감면 사업양수도’나 현물출자로 진행해야 합니다.
미공제 이월세액이란 세액공제 대상이지만 납부할 세액이 적거나 최저한세에 걸려 그해에 공제받지 못하고 다음 해 이후로 넘긴 금액을 말합니다. 조세특례제한법상 최대 10년 동안 이월해서 공제받을 수 있습니다.
일반 포괄양수도로 법인전환하면 무엇이 사라지나요?
포괄사업양수도는 개인사업자의 자산·부채·직원 등 사업 전체를 법인에 넘기는 방식입니다. 재화의 공급으로 보지 않아 부가가치세가 과세되지 않고 세금계산서도 발행하지 않기 때문에 실무에서 가장 많이 씁니다.
문제는 감면과 공제입니다. 사업은 그대로 이어지지만 세법은 새 법인을 별개의 납세자로 봅니다. 예를 들어 창업중소기업 세액감면을 받던 개인사업자가 감면기간이 4년 남은 상태에서 일반 양수도로 전환하면, 법인은 ‘창업’으로 인정되지 않아 남은 4년을 쓸 수 없습니다. 통합고용세액공제처럼 이월된 공제액도 개인사업자에게 남은 채 소멸할 수 있습니다.
| 구분 | 일반 포괄사업양수도 | 조특법 제32조 법인전환 |
|---|---|---|
| 창업감면 남은 기간 | 승계 안 됨 | 남은 기간 승계 가능 |
| 미공제 이월세액공제 | 승계 안 됨 | 남은 이월기간 안에서 승계 가능 |
| 사업용 고정자산 양도소득세 | 양도 시 과세 | 이월과세 신청 가능 |
| 출자 금액 | 제한 없음 | 순자산가액 이상 |
실제로 얼마나 손해를 볼 수 있나요?
허승용 회계사가 상담했던 온라인쇼핑몰 개인사업자의 사례입니다. 가결산 결과 매출과 이익이 크게 늘어 법인전환을 진행하던 중, 직원을 많이 뽑으면서 쌓인 통합고용세액공제가 최저한세 때문에 다 공제되지 못하고 넘어가 있는 것을 확인했습니다.
| 항목 | 금액 |
|---|---|
| 통합고용세액공제 신청액 | 약 5,000만 원 |
| 최저한세 적용 후 실제 공제 | 약 2,000만 원 |
| 다음 해로 이월된 미공제액 | 약 3,000만 원 |
원래 계획대로 일반 포괄양수도로 전환했다면 이 3,000만 원은 법인에서 한 푼도 쓰지 못했을 것입니다. 전환 방식을 바꿔 승계 요건을 맞추는 쪽으로 일정을 다시 짰습니다.
2026년부터 통합고용세액공제 금액이 달라졌습니다
2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 통합고용세액공제는 고용을 오래 유지할수록 공제액이 커지는 구조로 바뀌었습니다. 이월공제가 생기기 쉬운 만큼 법인전환 전에 잔액을 확인하는 일이 더 중요해졌습니다.
| 중소기업 1인당 공제액 | 1년차 | 2년차 | 3년차 |
|---|---|---|---|
| 청년등 (수도권) | 700만 원 | 1,600만 원 | 1,700만 원 |
| 청년등 (수도권 밖) | 1,000만 원 | 1,900만 원 | 2,000만 원 |
| 그 외 (수도권) | 400만 원 | 900만 원 | 1,000만 원 |
| 그 외 (수도권 밖) | 700만 원 | 1,200만 원 | 1,300만 원 |
감면·공제를 승계하려면 어떤 요건을 갖춰야 하나요?
조세특례제한법 제32조와 같은 법 시행령 제29조는 사업양수도 방식의 법인전환을 다음과 같이 정의합니다. 이 요건을 갖추면 사업용 고정자산 양도소득세 이월과세와 함께 감면기간·미공제세액 승계를 받을 수 있습니다.
- 발기인 참여: 사업을 하던 개인사업자 본인이 발기인이 되어 법인을 설립합니다.
- 출자 금액: 전환하는 사업장의 순자산가액(시가로 평가한 자산에서 부채를 뺀 금액) 이상을 출자합니다.
- 자본금: 새로 설립되는 법인의 자본금이 그 순자산가액 이상이어야 합니다.
- 3개월 이내 포괄 양도: 법인 설립일부터 3개월 이내에 사업에 관한 모든 권리와 의무를 법인에 포괄적으로 넘깁니다.
- 업종: 호텔·주점·무도장 등 소비성서비스업이 아니어야 합니다. 온라인쇼핑몰은 해당하지 않습니다.
이월과세를 받으려면 양수도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고 때 법인과 함께 이월과세적용신청서를 내야 합니다. 법인 설립 후 5년 안에 승계받은 사업을 폐지하거나 대표가 받은 주식의 50% 이상을 처분하면 이월된 양도소득세를 내야 한다는 사후관리도 함께 기억해 두세요.
출자 부담은 어떻게 준비하나요?
이 방식의 단점은 자본금입니다. 법인전환을 고민할 정도면 사업장 순자산이 이미 큰 경우가 많은데, 그 금액 이상을 현금 등으로 출자해야 합니다. 출자 금액에 제한이 없는 일반 양수도보다 초기 자금 부담이 커질 수밖에 없습니다.
- 가결산으로 전환 시점의 순자산가액을 미리 추정하기
- 재고·매출채권·부채 정리로 순자산 규모를 조정할 수 있는지 검토하기
- 출자금 조달 방법(개인 자금, 차입 등)과 일정을 전환일 전에 확정하기
- 승계로 얻는 세액(남은 감면 + 이월공제)과 출자 부담을 숫자로 비교하기
앞의 사례에서도 대표님께 출자금 마련 계획을 먼저 세우도록 안내했습니다. 자금 부담은 생겼지만 3,000만 원의 공제를 지킨 채 법인으로 넘어갈 수 있었습니다. 법인전환 시점 자체에 대한 판단은 법인전환 시기, 4분기보다 연초가 유리한 이유에서 다뤘습니다.
법인전환 전에 무엇을 확인해야 하나요?
- 창업중소기업 세액감면 등 감면기간이 남아 있는지
- 통합고용세액공제·투자세액공제 등 미공제 이월세액이 있는지 (종합소득세 신고서의 공제세액계산서 확인)
- 사업용 고정자산(부동산 등)이 있어 양도소득세 이월과세가 필요한지
- 순자산가액 이상 출자가 가능한지
- 전환 후 5년 사후관리 기간 동안 사업 유지·지분 보유 계획이 있는지
자주 묻는 질문
현물출자 방식으로 전환해도 감면이 승계되나요?
네. 조세특례제한법 제32조는 사업용 고정자산을 현물출자하는 방식과 요건을 갖춘 사업양수도 방식을 모두 대상으로 합니다. 다만 현물출자는 감정평가와 법원 검사 절차가 필요해 시간과 비용이 더 드는 편이라, 부동산이 없는 온라인쇼핑몰은 사업양수도 방식을 많이 씁니다.
이월공제가 얼마 안 되면 그냥 일반 양수도로 해도 되나요?
승계로 얻는 세액보다 순자산가액 이상 출자하는 부담이 더 크다면 일반 양수도가 나을 수 있습니다. 남은 감면 예상액과 이월공제 잔액을 먼저 계산한 뒤, 출자 자금 부담과 비교해서 정하는 것이 순서입니다.
법인 설립 후 3개월이 지나서 사업을 넘기면 어떻게 되나요?
조세특례제한법 시행령 제29조는 법인 설립일부터 3개월 이내에 사업 전체를 포괄 양도하도록 정하고 있습니다. 이 기간을 넘기면 요건을 갖추지 못해 이월과세와 감면·공제 승계를 받지 못할 수 있으므로, 설립 등기일을 기준으로 일정을 역산해야 합니다.
개인사업자 시절 이월공제는 법인에서 언제까지 쓸 수 있나요?
승계된 미공제세액은 원래 개인사업자에게 남아 있던 이월공제 기간 안에 끝나는 사업연도까지만 공제할 수 있습니다. 기간이 새로 시작되지 않으므로 발생 연도를 확인해 두는 것이 좋습니다.
관련 글·서비스
근거 법령
- 조세특례제한법 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세), 같은 법 시행령 제29조
- 조세특례제한법 제31조 제4항·제6항(감면기간·미공제세액 승계), 같은 법 시행령 제28조
- 조세특례제한법 제144조(세액공제액의 이월공제)
- 조세특례제한법 제29조의8(통합고용세액공제)
이 글은 일반적인 세법 내용을 정리한 것으로, 실제 적용은 사업 내용과 상황에 따라 달라질 수 있습니다. 신고 전에 전문가와 확인하시기 바랍니다.